به طور کلی انواع دهانشویه‌ها را می‌توان به دو دسته درمانی و غیردرمانی تقسیم کرد.
- دهانشویه‌های درمانی همان طور که از نامشان پیداست، برای درمان بعضی بیماری‌ها از جمله بیماری‌های لثه، بدبویی دهان و… استفاده می‌شوند.
این نوع از دهانشویه‌ها باید توسط پزشک تجویز شوند، چرا که اگر بیمار به صورت خودسرانه از آن‌ها استفاده کند ممکن است دچار عوارض شود. - دهانشویه‌های غیردرمانی بیشتر برای موارد بهداشتی به کار می‌روند و انواع این دهانشویه‌ها قابل دسترس هستند.
بعضی از آن‌ها حاوی الکل و برخی دیگر فاقد الکل هستند.
مزیت دهانشویه‌های حاوی الکل این است که راحت‌تر جذب مخاط دهان، لثه و… می‌شوند و اثرگذاریشان بیشتر است. اما مضراتی هم دارند از جمله اینکه می‌توانند دهان را خشک کنند. وقتی دهان خشک شود، زمینه برای ایجاد بوی بد دهان نیز فراهم می‌شود.
دهانشویه‌های فاقد الکل گرچه مزیت الکل را ندارند، اما مضرات حاصل از آن را نیز ایجاد نمی‌کنند و ایمن‌تر هستند.
بعد از غذا خوردن همیشه مقداری از مواد غذایی روی سطح مینای دندان باقی می‌ماند. در چنین حالتی وقتی از دهانشویه‌های درمانی استفاده می‌کنیم، ممکن است با مواد غذایی واکنش نشان دهد و با ایجاد محیط اسیدی به مینای دندان آسیب بزند.
همچنین اگر دهانشویه بیش از حد و طولانی مدت استفاده شود، ممکن است باعث تغییر رنگ دندان‌ها شود. این مشکل بیشتر در مورد مصرف طولانی مدت دهانشویه‌های درمانی (بیش از یک هفته) مطرح است، اما دهانشویه‌های معمولی نیز اگر طولانی مدت (۱۵ تا ۲۰ روز به صورت مداوم) استفاده شوند، رنگ دندان‌ها را تغییر می‌دهند.